Ces deux formes sont correctes, mais elles n’ont pas le même sens et l’adverbe plus ne s’y prononce pas de la même façon. La phrase à la forme affirmative On est plus que deux signifie « Nous sommes un plus grand nombre que deux, nous sommes plus nombreux », et le s de plus s’y fait entendre. En revanche, dans la phrase à valeur restrictive On n’est plus que deux, c’est-à-dire « Il ne reste que nous deux », le s de plus n’est pas prononcé.