1962
Les chemins détournés
(Gallimard)
1975
Les machines célibataires
- directeur d’ouvrage
1975
Marcel Duchamp ou le grand fictif
(Galilée)
1975
Bonnard
(Screpel)
1975
Delvaux
- en collaboration avec Michel Butor (Société d'éditions internationales)
1977
Marcel Duchamp : catalogue raisonné de l’œuvre
- directeur d’ouvrage
1978
Duchamp et la photographie
(Le Chêne)
1981
Les réalismes entre révolution et réaction, 1919-1939
1982
Henri Cartier-Bresson
(Delpire)
1983
Considérations sur l’état des Beaux-Arts
- rééd. 1989, 2005 (Gallimard)
1984
Balthus
1984
Bonnard
1986
Vienne : l’apocalypse joyeuse
1987
Christian Bérard
- en collaboration
1988
Le nu et la norme. Klimt et Picasso en 1907
(Gallimard)
1988
Music : l’œuvre graphique
1988
Paradoxe sur le conservateur. De la modernité conçue comme une religion
(L'échoppe)
1989
Le Nu et la norme. Klimt et Picasso en 1907
(Gallimard)
1989
Méduse- Contribution à une anthropologie des arts du visuel
(Gallimard)
1989
Brève Défense de l’art français : 1945-1968
(L'échoppe)
1990
De l’invention simultanée de la pénicilline et de l’action painting, et de son sens
(L'échoppe)
1991
Les années 20 : L’âge d’or des métropoles
- Musée des Beaux-Arts de Montréal (Gallimard)
1991
Onze Chansons puériles
(L'échoppe)
1992
Élevage de poussière : Beaubourg vingt ans après
(L'échoppe)
1992
Le Nez de Giacometti. Faces de carême, figures de carnaval
(Gallimard)
1993
L’âme au corps : art et sciences, 1793-1993
(Gallimard)
1995
Identità et alterità : figure del corpo, 1895-1995
(Marsilio)
1995
Paradis perdus : l’Europe symboliste
- Musée des Beaux-Arts de Montréal (Flammarion)
1996
Sam Szafran
(Skira)
1996
Éloge du visible. Fondements imaginaires de la science
(Gallimard)
1996
Les métamorphoses d’Éros : essai sur Balthus
(Réunion des musées nationaux)
1996
Malinconia. Motifs saturniens dans l’art de l’entre-deux-guerres
(Gallimard)
1997
Henri Cartier-Bresson, des Européens
(Seuil)
1997
La responsabilité de l’artiste. Les avant-gardes entre terreur et raison
(Gallimard)
1998
Picasso 1917-1924
(Gallimard/Bompiani)
1999
Cinq Notes sur l’œuvre de Louise Bourgeois
(L'échoppe)
1999
Cosmos : du romantisme à l’avant-garde, 1801-2001
- Musée des Beaux-Arts de Montréal (Gallimard)
1999
Balthus
- (Catalogue raisonné de l’œuvre complet) avec Virginie Monnier (Gallimard)
2000
Sur Marcel Duchamp et la fin de l’art
(Gallimard)
2001
Balthus
- Palazzo Grassi (Flammarion)
2001
La Barbarie ordinaire. Music à Dachau
(Gallimard)
2002
Court Traité des sensations
(Gallimard)
2003
Court Traité des sensations, et Du surréalisme considéré dans ses rapports au totalitarisme et aux tables tournantes
(Gallimard)
2003
Du surréalisme considéré dans ses rapports au totalitarisme et aux tables tournantes
(Mille et une nuits)
2004
La grande parade. Portrait de l’artiste en clown
- Musée des Beaux-Arts du Canada (Gallimard)
2005
Gustave Klimt. Papiers érotiques
- en collaboration avec Werner Hofmann et Caroline Messensee (Gallimard)
2005
Mélancolie. Génie et folie en occident
(Gallimard)
2005
Une leçon d’abîme. Neuf approches de Picasso (Art et Artistes)
(Gallimard)
2006
Journal atrabilaire
(Gallimard)
2007
Lait noir de l’aube
(Gallimard)
2007
Malaise dans les musées
- Prix du livre incorrect 2008 (Flammarion)
2007
De la mélancolie. Les entretiens de la Fondation des Treilles
- en collaboration avec Robert Kopp (Gallimard)
2008
Autoportrait au visage absent
(Gallimard)
2008
La Tourterelle et le chat-huant
(Gallimard)
2008
Les années 1930. La fabrique de l’homme nouveau
- Musée des Beaux-Arts du Canada (Gallimard)
2009
Crime et châtiment - Musée d’Orsay
- directeur d’ouvrage (Gallimard)
2011
Dialogue avec les morts
(Gallimard)
2011
L’hiver de la culture
(Flammarion)
2012
Hubris. La fabrique du monstre dans l’art moderne
(Gallimard)
2012
Le temps des avant-gardes
- Chroniques d’art 1968-1978 (La Différence)
2013
Les Derniers Jours
(Gallimard)
2014
Picasso et le cirque : Parade et palingénésie
(L'échoppe)
2016
La part de l'ange : journal
(Gallimard)
2018
Freud. Du regard à l'écoute
- directeur d’ouvrage (Gallimard)
2018
La Barbarie ordinaire. Zoran Music à Dachau
(Arléa)
2019
Terre natale
(Gallimard)
2020
Inferno
- en collaboration avec Laura Bossi (Scuderie del Quirinale)
2022
Sam Szafran. Un gamin des Halles - Conversation avec Jean Clair et Louis Deledicq
(Flammarion)
2023
Le Livre des amis
(Gallimard)