À sa mort en 1661, Mazarin légua au jeune roi Louis XIV un capital et un revenu pour fonder un collège destiné à instruire gratuitement soixante jeunes nobles issus des provinces réunies à la France par les traités de Westphalie et des Pyrénées sous son gouvernement : Artois, Alsace, Pignerol (Piémont), Roussillon-Cerdagne.
Louis XIV chargea l’architecte Le Vau d’édifier en bord de Seine des bâtiments et une chapelle qui, achevés en 1680, hébergèrent ce collège dit « des Quatre-Nations ».
La bibliothèque personnelle
de Mazarin, également léguée au roi, y fut installée
et devint la première bibliothèque de France ouverte au
public.
Le collège comprenait sur le quai la chapelle dominant deux ailes en arc de cercle terminées par des pavillons carrés. Les bâtiments utilitaires formaient par-derrière une aile longeant la rue des Fossés (aujourd’hui rue Mazarine).
La chapelle était surmontée d’un dôme à l’italienne, la célèbre Coupole.
Les bâtiments reçurent des élèves de 1688 à 1792. En 1805, Napoléon Ier les affecta à l’Institut de France, dont la seconde classe était l’héritière de l’Académie française de l’Ancien Régime.
La chapelle désaffectée fut remaniée par l’architecte Vaudoyer, qui la dota de tribunes et en fit la salle des séances publiques de l’Institut.
En 1839 fut construit un nouveau bâtiment, parallèle à celui longeant la rue Mazarine, où furent aménagées les salles des séances ordinaires des cinq Académies.
En 1962, la chapelle retrouva son état d’origine.